リボフラビンは、2つの主要な補酵素であるFMNとFADの形成に必須である。これらの補酵素はエネルギー代謝、細胞呼吸、抗体産生、成長および発達に関与する。リボフラビンは炭水化物、タンパク質、脂肪の代謝に必須である。FADはトリプトファンからナイアシン（ビタミンB3）への変換に寄与し、ビタミンB6から補酵素ピリドキサール5'-リン酸への変換にはFMNが必要である。リボフラビンは、ホモシステインの正常な循環レベルの維持に関与している。リボフラビン欠乏症では、ホモシステインレベルが上昇し、心血管疾患のリスクが上昇する。