ほとんどのプロバイオティクスの健康強調表示には予備的な証拠しか存在しない。最も研究されているプロバイオティクス菌株であっても、FDAやEFSAのような規制機関によるヘルスクレームの承認を正当化できるほど基礎研究や臨床研究が十分に進んでいるものは少なく、2010年じてん、この2つの機関からはクレームは承認されていない。専門家の中には、異なるプロバイオティクス菌株の有効性に懐疑的で、すべての被験者がプロバイオティクスの恩恵を受けるわけではないと考える者もいる。