クローン病や潰瘍性大腸炎患者の寛解導入と維持のための治療法として、マイクロバイオームの組成と挙動を変化させる経口プロバイオティクスサプリメントの使用が検討されている。2020年に行われたコクラン・レビューでは、クローン病患者において、プロバイオティクス治療により寛解の可能性が改善し、有害事象が減少するという明確なエビデンスは見出されなかった。