ビフィズス菌は、パスツール研究所に勤務していたアンリ・ティシエによって、母乳で育てられた乳児から初めて分離された。分離されたBacillus bifidus communisと名付けられた細菌は、後にBifidobacterium属に改名された。ティシエは、ビフィズス菌が母乳で育てられた乳児の腸内細菌叢で優勢であることを発見し、ビフィズス菌で乳児の下痢を治療することによる臨床的利益を観察した。