古典的には、代謝は単一の代謝経路に焦点を当てた還元アプローチによって研究される。
特に有用なのは、放射性トレーサーを全組織、組織、細胞レベルで用いることである。このトレーサーは、放射性標識された中間体や生成物を同定することによって、前駆体から最終生成物までの経路を定義する。
そして、これらの化学反応を触媒する酵素を精製し、その動力学や阻害剤に対する反応を調べることができる。
これと並行して、細胞や組織内の低分子を同定するアプローチもある。
全体として、これらの研究は単純な代謝経路の構造と機能をよく知ることができるが、完全な細胞の代謝のような複雑な系に適用するには不十分である。