低血糖の最も一般的な原因は、インスリンやスルホニルウレアなどの糖尿病の治療に用いられる医薬品である。食事量がいつもより少なかったり、運動量がいつもより多かったり、アルコールを摂取したりした糖尿病患者では、リスクが高くなる。低血糖の他の原因としては、腎不全、特定の腫瘍、インスリノーマ、肝疾患、甲状腺機能低下症、飢餓、先天性代謝異常、重症感染症、反応性低血糖、アルコールを含む多くの薬物が挙げられる。低血糖は、数時間何も食べていない健康な赤ちゃんに起こることがある。