炎症性腸疾患は腸壁を侵す炎症性疾患で、クローン病と潰瘍性大腸炎のサブタイプがある。クローン病が消化管全体を侵すのに対し、潰瘍性大腸炎は大腸に限定される。クローン病は広く自己免疫疾患とみなされている。潰瘍性大腸炎はしばしば自己免疫疾患であるかのように扱われるが、実際にそうであるというコンセンサスは得られていない。