腸はendoderm/ja内胚葉由来の構造である。ヒトの発生からおよそ16日目に、胚は2つの方向に腹側に折れ始める（胚の腹面が凹になる）：胚の側面は互いに折り込まれ、頭部と尾部は互いに向かって折れ曲がる。その結果、胚の腹側面に接している内胚葉に覆われた構造物である卵黄嚢の一部が、原始的な腸になるためにつまみ出され始める。卵黄嚢は硝子管を介して腸管とつながったままである。通常、この構造は発生過程で退縮するが、退縮しない場合はメッケル憩室として知られる。