発酵性繊維は、大腸内の微生物叢によって消費され、糞便のかさを軽度増加させ、幅広い生理活性を有する短鎖脂肪酸を副産物として産生する。レジスタントスターチ、イヌリン、フラクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖は完全に発酵した食物繊維である。これらには不溶性食物繊維と水溶性食物繊維が含まれる。この発酵は大腸内の多くの遺伝子の発現に影響を与え、消化機能や脂質・グルコース代謝、免疫系、炎症などに影響を与える。