解糖によって産生されたピルビン酸分子は、ミトコンドリア内膜を横切ってマトリックスへと能動輸送される。ここで酸化されて補酵素Aと結合し、通常のサイクルと同様にCO2、アセチル-CoA、NADHを形成する。