非タンパク質生成アミノ酸の中には、タンパク質に含まれないものもある。例えば、2-アミノイソ酪酸や神経伝達物質であるγ-アミノ酪酸などである。非タンパク質原性アミノ酸は、標準アミノ酸の代謝経路の中間体として生じることが多い -例えば、オルニチンとシトルリンは、アミノ酸の異化の一部である尿素サイクルで生じる（下記参照）。生物学におけるα-アミノ酸の優位性に対するまれな例外はβ-アミノ酸βアラニン（3-アミノプロパン酸）であり、これは植物や微生物において補酵素Aの成分であるパントテン酸（ビタミンB5）の合成に用いられる。