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2024-04-16T23:24:43Z

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=== ゲノム科学 ===
[[Prokaryote/ja|原核生物]]のゲノムの特殊性は、[[Cell replication/ja|複製]]の際に原核生物がどのように[[DNA/ja|DNA]]を複製するかを認識することで区別できる。''L.アシドフィルス''では、複製は[[Origin of replication/ja|oriC]]と呼ばれる起点から始まり、[[DNA replication/ja|複製フォーク]]の形で双方向に移動する。DNAは[[DNA replication/ja|先導鎖]]上では連続的に、[[DNA replication/ja|遅行鎖]]上では不連続な[[Okazaki fragments/ja|岡崎フラグメント]]として、[[DNA polymerase III holoenzyme/ja||DNAポリメラーゼIII]]酵素の助けを借りて合成される。先行鎖と遅行鎖のDNA合成を開始するには、RNAプライマーが必要である。DNAポリメラーゼIIIは、RNAプライマーに従って5'から3'方向にDNAを合成する。''L.アシドフィルス菌''の[[genome/ja|ゲノム]]は小さく、[[GC-content/ja|グアニン-シトシン]]含量は約30%と低い。様々な''L. アシドフィルス''の46株のゲノムを比較した研究によると、ゲノムのサイズは1.95Mbから2.09Mbで、平均サイズは1.98Mbであった。ゲノム中の平均コード配列数は1780個で、発酵食品や市販のプロバイオティクスから分離された株は、ヒトから分離された株よりも平均してコード配列数が多かった。''L.アシドフィルス''はオープンな状態の[[pan-genome/ja|パンゲノム]]（種内の全遺伝子）を持っており、シーケンシングされたゲノムの数が増えるにつれてパンゲノムのサイズが大きくなることを意味している。コアゲノム（種の全個体が共有する遺伝子）は、''L. アシドフィルス''の場合、約1117遺伝子で構成されている。遺伝子解析の結果、すべての''L. アシドフィルス''株が、糖質代謝の主要酵素であるグリコシルヒドロラーゼの少なくとも15ファミリーを含んでいることも明らかになった。15のGHファミリーはそれぞれ、グルコース、ガラクトース、フルクトース、スクロース、デンプン、マルトースなどの一般的な炭水化物の代謝に関与していた。抗生物質の排出、抗生物質の標的変更、および抗生物質の標的防御による抗生物質耐性をコードする遺伝子は、すべての''L. アシドフィルス''株に存在し、すべての株で18種類の抗生物質に対する防御を提供していた。フルオロキノロン系、グリコペプチド系、リンコサミド系、マクロライド系、テトラサイクリン系は、''L. アシドフィルス''が最も高い耐性を示した5つの抗生物質クラスであり、これらのクラスに関連する300以上の遺伝子が存在した。

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